《四库全书》保存了中国历代大量文献。所据底本中，有很多是珍贵善本，如宋元刻本或旧抄本；还有不少是已失传很久的书籍，在修书时重新发现的；也有的是从古书中辑录出来的佚书，如从永乐大典中辑出的书有385种。《四库全书》的编纂，无论在古籍整理方法上，还是在辑佚、校勘、目录学等方面，都给后来的学术界以巨大的影响。但是，《四库全书》毕竟是乾隆皇帝以“稽古右文”为名，推行文化专制政策的产物，乾隆借纂修《四库全书》之机向全国征集图书，贯彻“寓禁于征”的政策，对不利于清朝统治的书籍，分别采取全毁、抽毁和删改的办法，销毁和篡改了大批文献。《四库全书》突出了儒家文献和反映清朝统治者“文治武功”的文献，把儒家著作放在突出的位置，例如一些顺服于清朝统治的汉人如汤斌等人的著作受到重视，而黄宗羲、吕留良、顾炎武等一些与汤斌同时代却有骨气的文人著作则受到打击和禁毁。把儒家经典放在四部之首，把一般儒家著作放在子部之首；轻视科技著作，认为西方现代科学技术，是“异端之尤”，可以“节取其技能，禁传其学术”。除了农家、医家和天文算法类收录少数科技著作之外，一般科技著作是不收录的；排斥了有民主色彩或敢于批评儒家思想的文献及戏曲和通俗小说如宋元杂剧、话本小说、明代传奇等。
从《四库全书》修成至今已有200余年。七部之中，文源阁本、文宗阁本和文汇阁本已荡然无存，只有文渊阁本、文津阁本、文溯阁本和文澜阁本传世至今。文渊阁本今藏台湾省，文津阁本今藏北京图书馆，文溯阁本今藏甘肃省图书馆。文澜阁本在战火中多所残阙，后来递经补抄，基本补齐，今藏浙江省图书馆。