八旗制度是清太祖努尔哈赤于明万历二十九年(1601年)正式创立,初建时设四旗:黄旗、白旗、红旗、蓝旗。1614年因“归服益广”将四旗改为正黄、正白、正红、正蓝,并增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗,合称八旗,统率满、蒙、汉族军队。
八旗的基本单位是“牛录”。《清实录》载:“乙卯(1615年)……上既削平诸国(女真各部),每三百人设一牛录额真,五牛录设一甲喇额真,五甲喇设一固山额真。每固山额真左右设两梅勒额真。
初设有四旗,旗以纯色为别,曰黄、曰红、曰蓝、曰白。至是,添设四旗,参用其色镶之(黄、白、蓝镶红边,红镶白边),共为八旗。“满洲制度规定,“八旗子弟,人尽为兵”,因此八旗的编制是军事的编制。“行军时,地广则八旗并列为八路,地狭则八旗合一路而行。……破敌之后,察核将士战功必以实,有罪者虽亲不贳,必置以法,有功者虽仇不遗,必加以赏。”后来,由于人口的增加,牛录的数目也加多。到皇太极时代,1634年改“牛录额真”为“牛录章京”,汉译“佐领”。但是满洲统治者不愿增加固山的数目,所以,清朝只有八旗。可是每个固山包括的甲喇数目已经不止五个了。后来,又增设了蒙古八旗和汉军八旗,各旗皆属同一旗色的满洲八旗的贝勒(旗主)管辖,改从满族的风俗习惯,他们日后便被融合为满族人,满族因而迅速发展壮大。
八旗组织中蒙古旗与汉军旗的建立比满洲旗稍晚。清太宗皇太极天聪三年(1629年)时,已有蒙古二旗的记载,称为左右二营。八年改称左翼兵和右翼兵。九年,后金在征服察哈尔蒙古后,对众多的蒙古壮丁进行了一次大规模的编审,正式编为蒙古八旗,旗制与满洲八旗同。汉军单独编为一旗,据考证是在天聪五年正月(一说天聪七年)。皇太极崇德二年(1637年)分汉军为二旗,旗色玄青,四年分二旗官兵为四旗,七年正式编为汉军八旗,旗色与满洲八旗同。从明万历四十三年八旗制度建立,直到清崇德七年才完成八旗组织三个部分二十四旗的组织建设,八旗每一旗下都包括满洲、蒙古、汉军三个部分。