八旗又有上三旗与下五旗的区别。顺治七年（1650年）底多尔衮死后，清世祖福临为了加强对八旗的控制，对八旗的顺序进行了调整。由皇帝控制的镶黄、正黄、正白三旗，称为上三旗；由诸王、贝勒统辖的正红、镶红、正蓝、镶蓝、镶白五旗，称为下五旗，此后终清未改。上三旗较下五旗为崇，是皇帝的亲兵，担任禁卫皇宫等任务，下五旗驻守京师及各地。清世宗雍正为进一步加强中央集权，削弱诸王、贝勒对各旗的控制，严格区分下五旗中的旗分佐领（俗称外佐领）和府属佐领（俗称内佐领）的隶属关系。下五旗中的主要部分旗分佐领，实际上也由皇帝直接控制。诸王及贝勒仅能控制其府属佐领。又以镶黄、正白、镶白、正蓝四旗居左，称为左翼；正黄、正红、镶红、镶蓝四旗居右，称为右翼。
清军入关，满族人口大量涌入北京及其附近地区，为了安置八旗官兵和闲散人口的生活，从顺治元年底至康熙四年清政府共进行了三次大规模的圈地运动，八旗满洲、蒙古、汉军官兵三次共分得旗地二百三十三万五千四百七十七晌零九亩。八旗兵丁的份地为五晌（一晌约六亩），终清没有大的变化。兵丁份地大多数靠本人带同家属从事耕种，后迫于生计被典押出去。清初规定旗民不交产，几经反复，直到光绪三十一年才最后取消禁令。
清统治全国以后，由于八旗制度的严重束缚，八旗兵丁生计日渐拮据。八旗生计问题主要是北京正身旗人的生活问题。康熙、雍正时业已出现，乾隆初更趋严重，从而引起清统治集团的严重关注。康熙、雍正时曾先后赏赐银两数次，但不久即罄尽无余，于是增加兵额，扩大食饷面。雍正二年始设教养兵，后改称养育兵，给予钱米。光绪时养育兵共计27408人，清末达到29407人。乾隆时曾准许京城和各省驻防汉军八旗出旗为民，令其各得生计。但直至清末，八旗生计问题非但没有解决，而且陷于贫困的境地。
八旗制度随着辛亥革命后清朝的灭亡而终。它是清王朝统治全国的重要军事支柱，曾在中国历史上起过积极和进步的作用，为发展和巩固多民族统一的国家、为保卫边疆防止外来侵略等都作出了重要贡献，对满族社会的发展，更起到不可磨灭的作用。随着历史的演变，八旗制度中落后的一面也日益明显，严重地束缚了满族人民的发展，在征战中的作用也愈来愈小。八旗制度与清王朝的命运紧密地联系在一起，经过了由盛而衰、由衰而亡的整个历史过程。