八年，桂王诏成功援广州，引师南次平海，使其族叔芝筦守厦门。福建巡抚张学圣遣泉州总兵马得功乘虚入焉，尽攫其家赀以去。成功还，斩芝筦，引兵入漳州。提督杨名高赴援，战于小盈岭，名高败绩，进陷漳浦。总督陈锦克舟山，名振进奉鲁王南奔，成功使迎居金门。九年，陷海澄，锦赴援，战于江东桥，锦败绩。左次泉州，成功复取诏安、南靖、平和，遂围漳州。锦师次凤凰山，为其奴所杀，以其首奔成功。漳州围八阅月，固山额真金砺等自浙江来援，与名高兵合，自长泰间道至漳州，击破成功。成功入海澄城守，金砺等师薄城，成功将王秀奇、郝文兴督兵力御，不能克。
上命芝龙书谕成功及鸿逵降，许赦罪授官，成功阳诺，诏金砺等率师还浙江。十年，封芝龙同安侯，而使赍敕封成功海澄公、鸿逵奉化伯，授芝豹左都督。芝龙虑成功不受命，别为书使鸿逵谕意，使至，成功不受命，为书报芝龙。芝豹奉其母诣京师。成功复出掠福建兴化诸属县。十一年，上再遣使谕成功，授靖海将军，命率所部分屯漳、潮、惠、泉四府。
成功初无意受抚，乃改中左所为思明州，设六官理事，分所部为七十二镇；遥奉桂王，承制封拜，月上鲁王豚、米，并厚廪泸、溪、宁、靖诸王，礼待诸遗臣王忠孝、沈佺期、郭贞一、卢若腾、华若荐、徐孚远等，置储贤馆以养士。名振进率所部攻崇明，谋深入，成功嫉之，以方有和议，召使还。名振俄遇毒死。成功讬科饷，四出劫掠，蔓及上游。福建巡抚佟国器疏闻，上密敕为备。李定国攻广东急，使成功趣会师。成功遣其将林察、周瑞率师赴之，迁延不即进。定国败走，成功又攻漳州，千总刘国轩以城献，再进，复陷同安。其将甘辉陷仙游，穴城入，杀掠殆尽。至是和议绝。上命郑亲王世子济度为定远大将军，率师讨成功。十二年，左都御史龚鼎孳请诛芝龙，国器亦发芝龙与成功私书，乃夺芝龙爵，下狱。成功遣其将洪旭、陈六御攻陷舟山，进取温、台，闻济度师且至，隳安平镇及漳州、惠安、南安、同安诸城，撤兵聚思明。济度次泉州，檄招降，不纳；易为书，成功依违答之。上又令芝龙自狱中以书招成功，谓不降且族诛，成功终不应。十三年，济度以水师攻厦门，成功遣其将林顺、陈泽拒战，飓起，师引还。
成功以军储置海澄，使王秀奇与黄梧、苏明同守。梧先与明兄茂攻揭阳未克，成功杀茂，并责梧。梧、明并怨成功，俟秀奇出，以海澄降济度。诏封梧海澄公，驻漳州，尽发郑氏墓，斩成功所置官。大将军伊尔德克舟山，击杀六御。成功攻陷闽安城牛心塔，使陈斌戍焉。十四年，鸿逵卒。师克闽安，斌降而杀之。成功陷台州。