十五年，谋大举深入，与其将甘辉、余新等率水师号十万，陷乐清，遂破温州，张煌言来会。将入江，次羊山，遇飓，舟败，退泊舟山。桂王使进封为王，成功辞，仍称招讨大将军。十六年五月，成功率辉、新等整军复出，次崇明，煌言来会，取瓜洲，攻镇江，使煌言前驱，溯江上。提督管效忠师赴援，战未合，成功将周全斌以所部陷阵，大雨，骑陷淖，成功兵徒跣击刺，往来剽疾，效忠师败绩。成功入镇江，将以违令斩全斌，继而释之，使守焉；进攻江宁，煌言次芜湖，庐、凤、宁、徽、池、太诸府县多与通款，腾书成功，谓宜收旁郡县，以陆师急攻南京。成功狃屡胜，方谒明太祖陵，会将吏置酒，辉谏不听。崇明总兵梁化凤赴援，江宁总管喀喀木等合满、汉兵出战，袭破新军，诸军皆奔溃，遂大败，生得辉犹数万，弃瓜洲、镇江，出海，欲取崇明。江苏巡抚蒋国柱遣兵赴援，花凤亦还师御之。成功收馀凤亦还师御之，成功战复败，引还。煌言自间道走免。
上遣将军达素、闽浙总督李率泰分兵出漳州、同安，规取厦门。成功使陈鹏守高崎，族兄泰出浯屿，而与周全斌、陈辉、黄庭次海门。师自漳州薄海门战，成功将周瑞、陈尧策死之，迫取辉舟，辉焚舟。战方急，风起，成功督巨舰冲入，泰亦自浯屿引舟合击，师大败，有满洲兵二百降，夜沈之海。师自同安乡高崎，鹏约降。其部将陈蟒奋战，师以鹏已降，不备，亦败，成功收鹏杀之，引还。十七年，命靖南王耿继茂移镇福建，又以罗讬为安南将军，讨成功。十八年，用黄梧议，徙滨海居民入内地，增兵守边。
成功自江南败还，知进取不易；桂王入缅甸，声援绝，势日蹙，乃规取台湾。台湾，福建海中岛，荷兰红毛人居之。芝龙与颜思齐为盗时，尝屯于此。荷兰筑城二：曰赤嵌、曰王城，其海口曰鹿耳门。荷兰人恃鹿耳门水浅不可渡，不为备。成功师至，水骤长丈馀，舟大小衔尾径进，红毛人弃赤嵌走保王城。成功使谓之曰：“土地我故有，当还我；珍宝恣尔载归。”围七阅月，红毛存者仅百数十，城下，皆遣归国。成功乃号台湾为东都，示将迎桂王狩焉。以陈永华为谋主，制法律，定职官，兴学校。台湾周千里，土地饶沃，招漳、泉、惠、潮四府民，辟草莱，兴屯聚，令诸将移家实之。水土恶，皆惮行，又以令严不敢请，铜山守将郭义、蔡禄入漳州降。是岁，圣祖即位，戮芝龙及诸子世恩、世廕、世默。
成功既得台湾，其将陈豹驻南澳，而令子锦居守思明。康熙元年，成功听周全斌谗，遣击豹，豹举军入广州降。恶锦与乳媪通，生子，遣泰就杀锦及其母董。会有讹言成功将尽杀诸将留厦门者，值全斌自南澳还，执而囚之，拥锦，用芝龙初封，称平国公，举兵拒命。成功方病，闻之，狂怒咬指，五月朔，尚据胡床受诸将谒，数日遽卒，年三十九。