起义陷入低潮：
清廷为之震惊，急由陕西、广西、山东调兵7000人，会同湖北及四川清军共万余人，由都统水保及湖广总督毕沅等指挥，实行分区围攻。各地白巾军修筑寨垒，据险防守。清军兵少，分散，进攻多受挫。四月，清廷又增调直隶(今河北)、山西兵各2000人，同时命永保统一指挥各军。经两月激战，六月，参将傅成明部在孝感被襄阳白巾军以伏击战全歼。至此，清军“先后征兵数千，皆全军覆没”。清廷再增调湖南苗疆兵2万人来援，形势开始逆转。八月，竹山、当阳、枝江各地白巾军寨垒多被攻破。最早起义之张正漠部亦在灌脑湾被歼。仅林之华部仍活动于长阳滋丘一带，襄阳白巾军活动于襄阳北及随州、钟祥一带。清军重兵多在湖北南部，姚之富等遂向北扩展，进至河南唐县（今唐河）一带。清廷又增调山东、直隶及京师健锐、火器营兵6000人来援。
白莲教起义在全国很多地方得到响应，如四川白巾军、襄阳白巾军、甘肃白巾军。
起义失败：
白巾军虽然仍获多次作战胜利，但自身损失很大。自五年夏起，清廷“筑寨团练”及“坚壁清野”等措施逐渐生效，使白巾军在战略上开始转入被动，不仅粮源、兵源日渐减少，而且行动经常受阻，难以进行大范围的流动作战，而主要在川、陕、楚边境地区进行出击及流动。六年正月至七月间，在清军连续进击下，各部白巾军仅剩干余或数百、数十人，基本上被限制在南山老林之中。实力较强者，尚有苟文明、樊人杰及蒲景等少数几部。至七年七月时，此三部亦先后被清军歼灭。十二月，额勒登保上报嘉庆帝“大功底成，川、陕、楚著名首逆全数肃清”，实际上尚有多部小支白巾军活动于南山老林进行游击作战。八年二月，清骁将、提督穆克登布深入老林追击，为少数伏击战士格杀。八月，被清廷解散之部分乡勇，参加白巾军，不时向老林以外出击。九月，在西乡附近击败堵击的清军，杀副将朱槐。白巾军在极为艰苦的环境中，又坚持战斗1年余，直至九年九月，最后一位白巾军首领苟文润被叛徒杀害，历时9年的白巾军(白莲教)大起义方告结束。
失败原因分析：
修堡筑寨、固守一地与硬拼的作战指导，是白巾军起义初期被清军各个击破的主要原因；大踏步前进、后退，实施流动作战，虽然在一定时期内获得了战争主动权，粉碎了清军聚而歼之的战略企图，但由于没有建立根据地，当清军实施筑寨团练及坚壁清野时，即完全丧失了主动权，是白巾军后期终于失败的主要原因；教、军合一的组织形式和封建家长制的管理制度，致内部派系林立，战争中缺乏统一领导、计划及各部不能密切协同，亦为白巾军失败的重要原因之一。
以川、楚、陕白巾军大起义为转折点，清朝开始由盛世走向衰落。