那么，李秀成亲供的手迹，在什么地方？曾国藩却讳莫如深，一直秘不示人。直到1944年，曾在《光明日报》撰文的吕集义先生（当时在广西通志馆任秘书）在湘乡曾国藩故宅见到一个秘本。于是，他便根据“九如堂本”两相对勘，从而补抄下了被曾国藩删除的5600余字，并摄影16页。研究太平天国的历史学大家罗尔纲先生也据此“吕氏补抄本”和照片四帧作为底本之一作注，在1951年出版了罗氏《忠王李秀成自传原稿笺证》一书。轰动一时。罗先生也据此提出了李秀成的“伪降”说。这些考据，说明了两个基本问题，一是李秀成自述是大致真实的，也是李秀成手迹；二是该自述也是经人删改的。即文献不完整，曾被曾国藩撕毁、删改和伪饰。
那么，曾国藩删改和撕毁了什么内容？史界仍然存谜。我的基本判断，只有一条：曾国藩留下了有用的，删节了没有用的、甚至有害的内容。什么是有用的？一是对曾氏兄弟和大清朝廷的吹捧。这是大大有用的。
第二，刻意强化了李秀成的“乞降之意”。李秀成身经百战，九死一生，他自然不怕死。曾国藩的幕僚赵烈文曾在日记中记述他在李秀成被俘当晚与其进行长谈的内容。据载，赵烈文问“汝今计安出”，李秀成的第一个回答就是“死耳”。当然，他也说到“顾至江右者皆旧部，得以尺书散遣之，免戕贼彼此之命，则暝目无憾。”他是体恤旧部之人，希望使其诸辈免受杀戕之意。赵烈文说他觉察出忠王“言次有乞活之意”，便说：“汝罪大，当听中旨，此亦非统帅所得主也。”忠王听后低头不语。日记是个人心灵的独白，因此没有刻意伪饰或夸张的必要。然而，李秀成的想法，在见到曾国藩之后有了变化。起初，他对曾国荃之辈的“刀剜锥刺”是毫无惧色的。但是，7月28日下午，曾国藩赶到南京亲自审讯李秀成。曾国藩毕竟老谋深算，他对李秀成慰藉有加，而不曾丝毫动刑。曾国藩的攻心策略果然收效。李秀成答应书写供词。李秀成自述是7月30日动笔的。他在供词中写到“今自愿所呈此书，实见中堂之恩情厚义”。李秀成说到曾国藩“有仁爱”、“有德化之心”。据此判断，曾国藩肯定对李秀成表露过安抚之意。曾国藩究竟对李秀成有过什么许诺，现已无从知晓。但是，肯定是曾国藩安抚在前，李秀成写自供在后。显然，曾国藩是在引诱李秀成说出一些希望借他之口说出的话。但是，有一点是李秀成想不到的。曾国藩在当天夜里已有“拟即在此杀之”的想法。
第三，刻意宣泄李秀成对太平天国的不满。李秀成在自述中曾以较大篇幅，述说其对太平天国运动的失望。他曾再三批评天王“一味靠天”、“言天说地”。李秀成对洪秀全一味信任“同姓王”，而竭力排斥异姓王的做法一直是深为不满的。1856年9月天京事变，李秀成进入领导核心，他也曾对洪秀全“不肯信外臣”而“专信同姓”提出真诚的劝告，希望“择才而用，定制恤民，申严法令，肃正朝纲，明正赏罚”。但是，李秀成的劝说不仅没有收效，而且惹怒了天王，差点丢了官。李秀成在供词中对洪氏宗亲亦很不满，直斥王长次兄是“佞臣”。他在供词中还反复抱怨天王“不信外臣”、“不问政事”、“不用贤才”、“立政无章”。结果就是“谗佞张扬，明贤偃避，豪杰不登，故有今之败”。
那么，曾国藩除了删改的，还撕了些什么呢？目前，专家们认定，现存忠王李秀成供词原稿是一残本。该文的结尾很奇怪。“今我国末，亦是先天之定数，下民应劫难，如其此劫，何生天王而乱天下，何我不才而佐他乎？今已被拿在禁，非因天意使然，我亦不知我前世之来历，天下多少英雄才子，何不为此事而独我为，实我不知也。如知……”就此嘎然而止了。此后部分（据称是七十四页之后部分），显然已被曾国藩撕毁了。著名学者陈寅恪先生当年曾经推测，曾国藩不肯将原稿公布，必有不可告人之隐。有一位英国学者，曾怀疑曾国藩是否将《自述》中某些“革命”的部分删去了。他还在阅读《手迹》之后说，“我首先感到的确‘忠王不忠’。后来，经过进一步考虑分析，我认为这个结论太简单化而不够客观”。