有人统计，皇太极在位期间，满洲贵族仅与蒙古科尔沁部联姻就达十八次之多。皇太极之子顺治帝与其父亲一样，也是近亲婚配或乱伦婚配：孝庄文皇后的两个侄女，都嫁给了顺治帝，一个封为皇后（即孝惠皇后，后被废降为静妃），另一个封为淑惠妃，顺治帝娶的这两个妻子，是他同一个亲舅舅的两个女儿，都是他的表妹；后来，孝庄文皇后的一个侄孙女，又嫁给顺治帝为妻，后被封为孝惠章皇后。这就是说，顺治帝不仅娶了两个表妹，还娶了表侄女为妻。而从蒙古科尔沁部首领莽古思的角度来讲血缘伦理，他将女儿(孝端文皇后)嫁给了皇太极，又将两个孙女(孝庄文皇后、宸妃)嫁给了皇太极，后又将两个孙女（静妃、淑惠妃）、一个曾孙女（孝惠章皇后）嫁给皇太极的儿子顺治帝福临。至清政权入关中原后，北不断亲，加强与蒙古各部落的政治联姻，仍为历朝清帝奉行的基本国策。这里边，也存在着近亲婚配甚至乱伦婚配。
2005年2月23日《科学发现报》也刊文指出，清朝晚期，同治、光绪、宣统叔侄三代皆无子嗣，致使无法实现父传子位的继承法，最后不得不从旁系宗族中选定皇位继承人。这是“近亲结婚”造成的，罪魁是慈禧太后。慈禧是咸丰帝妃，咸丰死后，经“辛酉”政变，她上台实行“垂帘听政”。为巩固自己的统治，先将胞妹指婚给咸丰胞弟奕譞。慈禧子同治死后无子，她将奕譞之子，即外甥光绪立为皇帝，她想亲上加亲，又亲自作媒，把胞弟副都统桂祥之女嫁给光绪。光绪死后无子，慈禧只好将外甥光绪帝的胞弟载沣之子溥仪(即宣统)扶上帝位。
另有学者对这一观点提出了质疑，特别是对光绪无嗣提出的疑问。认为光绪帝无嗣不是因为“近亲结婚”，而是因为长期患有遗精病，这是他丧失生育能力的重要原因。1888年光绪十八虚岁，已到结婚年龄。西太后慈禧决定为光绪成亲。慈禧不顾光绪本人的反对，给光绪物色了一个他并不喜欢的皇后。她就是慈禧亲弟弟桂祥的女儿，名静芬，比光绪大三岁，时年已二十一岁，她成为晚清历史上的又一位叶赫那拉氏皇后。其实，光绪是慈禧亲妹妹的儿子，皇后是慈禧亲弟弟的女儿，他俩原本就是表姐和表弟，属于近亲结婚。虽然二者是近亲结婚，但是从皇家的承幸簿上来看，只有大婚的晚上皇上与皇后同寝，以后再也没有出现皇后的名字。后皇帝无嗣，慈禧着急了，按照皇家一夫多妻的旧例，又纳娶两个妃子，这就是侍郎长叙的两个女儿，初封瑾殡、珍殡。此二妃跟光绪并没有任何血缘关系。大家都知道，皇上是宠爱珍妃的，而至光绪被关押到瀛台为止，光绪与珍妃已有十年的美好感情，承幸簿上大多是与珍妃的记录。但是竟然也未生一子一女，实属罕见。
对此，近亲结婚并不能给予很好的解答。有学者指出，就光绪帝而言，长期患有遗精病才是他丧失生育能力的主要原因。根据是，光绪三十三年（1907年），也就是光绪帝死前一年，他曾亲自探究并写下自己的病原:“遗精之病将二十年，前数年每月必发十数次，近数年每月不过二三次，且有无梦不举即自遗泄之时，冬天较甚。近数年遗泄较少者，并非渐愈，乃系肾经亏损太甚，无力发泄之故”。光绪帝生于同治十年六月（1871年8月），写病原时三十六周岁，这就是说，他从十五六岁青春发育期起就患了遗精之病，每月多达十几次。三十岁出头，便到了几乎无精可泄的地步。患有如此要命的疾病，无论怎样刻意播撒龙种也就成了徒劳。光绪帝能将如此超级隐私写出来是很有勇气的。同治帝、宣统帝也都未生育龙子凤女，是不是也有此类超级隐私呢？