海上遇险：
1879年，马江学堂一批洋教习合同期满，即将归国，一时间师资显得十分紧缺。这时，已留学英国两年零四个月的严复，因优异考绩以及清廷驻英公使郭嵩焘的鉴定，被认为充任后堂教习的最佳人选。这样，严复踏上了回国的征途。
在归国途中，夜遇狂风暴雨，轮船因出现故障，操作失控，在汪洋大海中，任滔天巨浪漂流。危急中，见有一岛，严复与其他乘客跳入水中，在波涛中时沉时浮，过了许久，总算爬上了岛。上了岛，见杂草丛生，荒无人烟。为了驱逐野兽，他们朝天鸣枪。恰好有一艘远洋轮经过，听到鸣枪，知道有人遇险，放舟过来，严复他们才摆脱险境。
从复旦公学到安徽高等学堂：
1906年，复旦公学校长马相伯去日本，致函当时任安徽高等师范学堂校长的严复，请他接任校长一职。严复在写给外甥女何纫兰的信中说：“本日复旦诸生以书恳我为之校长，经诺之矣。不识能兼顾否？”
大概是复旦公学一时难找到更合适的人选，时隔不久，有关方面同意了。严复常穿梭奔走于两地间，去处理他作为校长不得不处理的各种事务。
严复任复旦公学校长不久，学校资金吃紧，学校员工有两个月都没拿到工资了。无奈中，他想出了寅吃卯粮的办法，多次到南京去面见两江总督端方，商量预支一部分明年的经费。
身兼两职的严复，自知精力不济，无暇两顾，向端方提出辞去复旦公学校长之职。端方答允明年正月的两千金经费预支给他，辞职一事搁在一边。
严复不得不继续做他的复旦公学校长。除了整顿校纪、精简编制外，经费问题始终困扰着他，必要的校舍建设也无法施行。1907年2月给夫人朱明丽的信中提到：“复旦事甚难办。此次到宁，须与端督院破脑决断。若不起校舍，吾亦不能办也。”
由于严复几次三番递交辞呈，又因身兼两校之长非长久之计，两江总督最终批准严复辞呈，由道台夏敬观接任。
在安徽高等学堂的日子同样也不好过。早在严复接到安徽巡抚的聘书，准备上任之际，就接到一封匿名信，警告他不要到任。巨大的阻力使严复生畏，因此复函回绝。后因安徽新任巡抚恩铭盛意殷殷，才走马上任。
一到安徽高等学堂，所见学堂守旧、涣散，严复下决心做一番严厉的整顿。从严肃学生考试纪律入手，制订了严格的考试制度。这样一来，那些不肯刻苦学习的富家子弟，几次考试下来，已经有三十余名即将毕业的学生由于成绩极差，按规定被除名。