四、特别委员会除施行中央执行委员会全部职权外，应负责统一各地方的国民党党部，并筹备国民党三大的召开；
五、规定特别委员会委员的名额32人，候补委员为9人，具体人员由3方共同提出，由中央执行委员会临时会议发表；
六、中央各部部长人选，由特别委员会决定。
关于政府方面的决议案主内容：
宁、汉两方政府合并、改组，政府委员、各部部长、军事委员会委员等，皆由特别委员会会议决定。会议推举汪精卫、谭延闿、蔡元培、谢持共同起草统一宣言。
9月13日，武汉国民政府停止办公，汪精卫通电下野。9月15日，在南京召开国民党中央执行委员、中央监察委员临时联席会议，决定成立国民党中央特别委员会，推定汪精卫、蒋介石、胡汉民等32人为中央特别委员会委员，并决定劝蒋、汪、胡迅速来南京就职。9月16日，国民党中央特别委员会在南京正式成立，并举行第一次会议。
9月20日，新产生的国民政府委员和军事委员会委员在南京举行就职典礼。国民政府发表成立宣言，宣称：“本政府今后誓当竭智尽能，肃清共党，以拯同胞永脱布尔什维克恐怖之祸，而保持国民革命势力之统一。”实际上，宁、汉、沪三方合作很快又为新的分裂所代替，出现了国民党新军阀混战的局面。