到了魏晋南北朝时期，儒道佛三教各自的地位都比较巩固和壮大，所以三教之间的矛盾与冲突也就进一步激化，这构成了这一时期三教关系的突出特色。三教关系一再引起争论，所以关于三教关系的讨论，在当时就已经比较激烈了。三教一词并非现在才有，它在南朝时就已经被广泛使用。三教之“教”，并不如我们现在所理解的代表宗教之“教”，其原初语义，实质所指的是一种教化、教义与教说，而三教，指的就是儒佛道三家。

儒佛道三教关系，在魏晋南北朝是一个重要的阶段，这是三教关系全面展开的时期，也是三教争论全面展开、三教融合全面加深的时期。这个时期三教争论和融合的头绪也特别地多，涉及的问题也非常广，出现的论著也非常多。许多重大的事件，特别是帝王直接参与并组织的专门讨论三教关系的活动也特别之多。而且，在这一时期帝王的三教政策还尤其值得我们注意，帝王的三教政策有很多的浮动、变化，这都跟当时的社会政治与文化的变迁有着密切的关系。

这个时期的佛教，通过与魏晋玄学的交融，而全面进入了中国的思想界、学术界。不仅跻身于中国哲学思想领域，而且在中国社会、经济、文化中发挥越来越大的作用。随之而来的，则是它对中国传统文化的代表儒道两家的冲突也就不断地加深与激化。佛教随着势力的壮大和某些帝王的崇信，造成这个时期佛教与儒道的争论涉及了很多方面的问题，不仅仅是信仰，有时还牵涉到政治与经济上的诸多问题。

从政治上看，中国社会由统一走向了分裂，南北出现了很多割据的政权。这些割据政权出于自己政治统治的需要，对儒佛道就可能采取完全不同的态度和宗教文化政策。这里面还牵涉到一个北方不少少数民族的统治，其本身与汉族就有一种异族统治文化与汉族宗教文化差异的成分。比方说，作为外来统治者，他要来统治汉民族，就要利用汉民族传统的文化与宗教，所以往往到最后会选择儒家。但也有另一种情况的出现，比方说作为中国佛教第一次被官方认可的时代：后赵的石勒、石虎时代，作为统治者，他是异族的，是少数民族，他当时表态自己为什么支持佛教，因为有人排佛，认为佛是戎神，他则回答说：我自己就是胡人，当然信胡神，这是顺理成章的事。在这个时期，出了很多对佛教加以支持和利用的统治者，比如东晋时期一直到宋齐梁陈各个朝代，帝王大部分都非常崇信佛教。其时，宋文帝的一句话足以道出其底蕴，他说道：如果举国之士，全来信佛，人人为善，那么国家就可以安享太平，而他则可以舒服安逸地坐稳他的帝座。这句话说明，帝王已经清醒地意识到佛教确实有它特殊的教化功能。而帝王，也往往是从这一个角度，看到了佛教的作用，并因而推崇佛教。

到了梁代，梁武帝更是对佛教推崇有加，他曾经作《舍道归佛文》，并三次舍身入佛，他在位四十八年，几可谓以佛化治国。他对佛教确实做出了很多事情，佛教界历代都把他看作是一个护法的皇帝。关于梁武帝，历朝历代的评价都不一样。有人认为，他迷信佛教，最后连国家都丢掉了，信佛误国。但也有人认为，梁代立国，梁武帝即使不信佛教，而信了儒教、道教，他也会把国家丢掉，他的灭亡有它必然的因素，不能说就因为佛教。但值得注意的是，梁武帝在对待三教关系，有其独到见地，对儒佛道三家也都有研究。作为皇帝，他注过很多儒家经典，也参加过佛经的译经活动，还会亲自登台讲经说法。

这个时期有两次重大的灭佛事件，一次是北魏太武帝的灭佛（公元446年），另一次是北周周武帝的灭佛（公元574及577年），两次都有它们深刻的政治、经济、文化的背景，同时也与佛道关系有着密切的联系，都有道士在里面活动，也都有帝王个人的好恶。但灭佛之后不久，佛教又迅速得以恢复并大规模发展，这也说明宗教的发展，自有其深刻的社会原因，所以对待宗教问题，不能简单地以行政的手段来进行处理，一个皇帝以个人的好恶毁寺灭佛，但换了一个皇帝，佛教却又迅速得以复兴。

儒学从思想上看，两汉神学化的经学，在魏晋南北朝时期就衰落了。这时期突出的文化特征是：玄学盛行，佛教发展，道教成熟。前代儒学独尊、经学盛行，则让位于这种多元文化并存发展的局面。这也使得一些统治者、思想家和文人学士对这些不同的思想文化资源产生不同的思考，得出不同的判断，做出不同的取舍。这里面就出现了很多复杂的问题，在这种背景下，儒佛道三教的关系，已与汉代大不一样，儒学独尊的局面，让位于儒佛道三教并存共进的局面。虽然三家彼此存在着争论，但还是在矛盾冲突中共同存在，共同发展。

在儒佛道三教并存的情况下，有一个问题是值得注意的，就是如何看待这个时期儒学的社会地位？汉武帝以来，儒学一直是封建的主流意识形态，是官方化的思想，是中国文化的主导。但在魏晋南北朝几百年间，儒家却找不到一个最有代表性的大儒，找不到一个大的儒家学派，也找不到几部儒家重要的代表性著作。

学术界对此有不同的看法，有人认为在这一时期，是佛教占据着主导的地位，也有人认为，仍然应认为是儒学占主导地位。但实际上，从它实际发挥作用的角度来讲，儒学仍然被认为是文化正统，具有正宗的地位，是官方思想唯一的意识形态。这可以从两方面来看：其一，是儒学的基本思想，居其核心的基本内容，是它对封建伦理名教的重视，而这些东西，是最适合封建社会需要的，也是封建统治者治理国家真正的有力工具，这些东西，由于当时社会宗法性的结构并没有改变，所以儒家的这一套东西，实际上还在默默地依着惯性，发挥着它的主导作用；其二，我们还可以看到，儒学始终是国学，它始终是官方教育的法定内容。佛教与道教，尽管在社会上发挥着越来越大的影响，但是他们都没有能够进入国家教育领域及机构。就是在社会上，一般人所尊奉的社会道德规范，也仍然是以儒家的伦理道德为主，这就可以看出，在当时，儒家还是起着实际上的主导作用。

隋唐时期儒道佛三家鼎立。原则上讲儒学为正统，有时并非如此，武则天时把佛教列为第一，玄宗时又把道教列为第一。但第一不是唯一，如“朕今所好者，唯在尧、舜之道，周、孔之教”（《贞观政要·慎所好》）的唐太宗，同时也吃金丹，把道士成玄英召到长安，还资助玄奘去印度取经……崇道崇佛是出自将皇权神化的目的，已如前述；抑道压佛，常出自经济动机，如与寺观争夺人口。但更深层次的原因，则是三者之间观念的冲突。

儒家讲多忠孝，僧尼则脱离尘事，弃父弃君，在儒家看来是不忠不孝之辈。佛教讲生死轮回，也直接与儒家观念相冲突；由牲畜转生而来的，对此还有什么忠孝的理由吗？道教与儒学也有矛盾，儒家主张进取，入世，道家则主张超脱，对世人俗事不感兴趣。而且佛教与道教也有矛盾，佛教认为人生皆苦，修行成了佛后才得以解脱，而道教则追求长生不老……

冲突最直接的是儒学和佛教。所以在唐代君臣百姓狂热信佛的同时，总有一些人极力反佛，傅奕、韩愈、姚崇，狄仁杰都有过激烈的反佛言论和行动，斥责佛教教义，主张抑佛乃至拆寺毁庵，迁散和尚尼姑。尤其是韩愈，当宪宗兴师动众迎举法门寺佛骨舍利的时候，直言谏止，主张把佛骨投诸水火，以绝后患。武宗继位后先是抑佛，继而在会昌五年（845）采取了大规模的灭佛行动，拆除4600多所寺院，还俗260500僧尼。五代后周时，柴荣也曾毁佛，并且亲自在正定隆兴毁佛像。

反佛灭佛的目的是为了维护儒学的正统地位，因为儒学是传统文化观念的代表，是治理天下的根本。但儒学的有些内容到这时已明显的陈旧过时，需要调整和发展，需要吸收一些新的东西；佛教和道教也需要吸收一些传统的东西，以便更广泛的传播。所以，儒道佛在矛盾冲突的同时，更有一种融合的趋势。

隋朝经学家王通提出“三教可一”的主张，想以儒为主，调和吸收佛道的有用内容，已如前述。李士谦在评三者优劣时说：“佛，日也，道，月也，儒，五星也”（《隋书·本传》），是说三者相联，缺一不可。

唐代柳宗元认为佛教有些内容与《论语》相合，“不与孔子异道”（《柳河东集·送僧浩初序》）。韩愈激烈反佛，实际上吸收了一些佛教理论，其道统说、复性论，与佛教的法统观念和心性学说有联系，并且韩愈与高僧元惠、灵师、文畅等过从甚多，有诗相赠。就佛教而言，隋唐时期各宗派实际上都是吸收了儒道理论的佛教，比如对孝悌观念的吸收有了“教僧”之名。尤其是禅宗讲心性论，与《孟子·尽心上》所说的“尽其心者，知其性也”相近。天台宗把道教长生不老的神仙思想吸收进来，主张先成仙后成佛。就道教而言，也开始讲礼义、忠孝，显然是受了儒学的影响；原来道教理论和教规都不完善，隋唐时期开始创立理论体系，制订教规戒条，则是在佛教的影响下进行的，有人甚至明显地直接模仿佛教。

儒道佛融合的基础，首先是由于三家的学说都是治理天下，安顿百姓所需要的，如《三教平心论》卷上所说：“以佛修心，以道养身，以儒治世”，三者均缺一不可。其次，是人在不同时候分别需要儒家的入世进取，道家的进退自如，甚至佛家的逃避放弃。仅有一、二种精神是不够用的。其次，最根本的，是儒道佛三家在哲学思辨方面的互补性。儒家重视具体的行为规范和原则，过于实用，在哲学思辨方面不够深入；道家和佛家对现实尘世持一种超脱或遗弃态度，总讲些游离现实，抽象深奥的道理，哲学思辨反而上去了。尤其是佛教，在三家中是哲学思辨层次最高的。三家在哲学思辨上的互补性还在于，儒学善从正面论述，道家善于反面认识，佛教视而不见，不反不正，三者的配合恰似数学上正数、负数和零一样，配合起来是完整的认识方法。由于上述三个方面的原因，再加上唐朝盛世有容纳气度，使得隋唐时期儒道佛三家并存、融合，并且都是立足本家，融合另外两家，结果得到了改进。比如儒学在这个并存、融合的过程中吸收了佛道精神，开始了由传统儒学向新儒学即理学的转变。